故事“1901年北上”的主人公，本名保罗·迪马克，意大利人。为了寻找失踪的弟弟，以文化考察的名义来到中国沿运河北上。他和谢平遥从杭州、无锡出发，沿着京杭大运河一路北上。这一路，既是学术考察之旅，也是他们对于知识分子身份和命运的反思之旅，同时，更是他们的寻根之旅。当最终抵达大运河的最北端——通州时，小波罗意外离世。同时，清政府下令停止漕运，运河的实质性衰落由此开始。小波罗以马可·波罗为偶像，立志研究大运河，对中国文化和风物无比热爱，性格随和、开朗，但欧洲人傲慢和优越感的小尾巴总是夹不紧，一不留心就露出来。

将龚自珍的《已亥杂诗》视作知己的谢平遥，是一百多年前中国知识分子的典型代表。作为翻译陪同小波罗走访，先后召集起挑夫邵常来、船老大夏氏师徒、义和拳民孙氏兄弟等各种底层人士一路相随。

“2012年，鸬鹚与罗盘”的主人公，他在位于山东济宁的运河边上度过了六十多个春秋，他是邵常来的曾孙，故事围绕邵秉义的儿子邵星池的婚礼而展开。

第三个故事“2014年，大河谭”的主人公，电视台节目策划人，他准备策划介绍大运河的电视栏目《大河谭》，他的先祖是谢平遥。

第四个故事“2014年，小博物馆之歌”的主人公，他在大运河沿岸建起几家名为“小博物馆”的连锁民营客栈，他的祖先便是船老大老夏的二徒弟周义彦，故事围绕他收购邵星池的罗盘而展开。

第五个故事“1900-1934年，沉默者说”的主人公是Fedele Di Marco(费德尔·迪马克)，中文名字叫马福德，他是小波罗的亲弟弟，因参加八国联军而来到中国，作战时受了伤，瘸了一条腿，而在腿伤尚未痊愈时，他便因追求心仪的中国姑娘秦如玉而逃离部队，然后两人弄了一条船以逃离义和拳民的追杀，后来两人在通州段的运河滩上成家立业、生养后代，直至抗战期间，因妻子秦如玉被日军豢养的狼狗咬死，为报此仇，他孤身一人闯入日本兵营，杀死几个鬼子后，自己也毙命了。

第六个故事“2014年，在门外等你”的主人公，考古学家，他的母亲马思艺(曾用名为“马思意”)正是意大利人马福德的亲孙女，故事围绕大运河济宁段的考古发现而展开。而“2014年6月，一封信”的主人公仍是电视栏目《大河谭》策划人谢望和，他与邵秉义、周海阔、胡念之等人齐聚于小博物馆客栈，他们发现了一封信，而这封信正是意大利人马福德1900年7月写的，它被作者放在开头作为引子。